Finalmente y luego de remontar un marcador adverso de 2-0, empatando a dos tantos, el equipo caería 3-4 en la ronda de penales frente al Atlético Nacional, esto en el marco del duelo por el tercer lugar. Con la continuidad de Ricardo Lavolpe, el equipo afrontó los dos torneos locales del primer semestre de 2017. En el torneo de Copa logró la clasificación a la ronda de octavos de final, misma donde caería ante Tijuana, perdiendo en duelo único un gol por cero.