En 1994, Independiente ganó el Torneo Clausura bajo la dirección técnica de Miguel Ángel Brindisi luego de golear en la última fecha a Huracán por 4-0, quien venía siendo el puntero del campeonato. En la Supercopa Sudamericana 1994 eliminó al Santos en octavos goléandolo por 4-0, luego de perder la ida. Con su descenso a la Primera D en 2006 se convirtió en el segundo club en jugar en la última categoría del fútbol argentino habiendo jugado alguna vez en Primera, el primero fue el Club Sportivo Dock Sud, aunque Argentino de Quilmes hasta ahora es el único equipo que jugó en la quinta categoría del fútbol argentino habiendo disputado también la Primera División siendo esta profesional, ya que tanto Dock Sud como el resto de los equipos que comparten esta particularidad jugaron en la máxima categoría pero de forma amateur.