Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones. El 1 de enero de 2005, Independiente cumplió 100 años desde la oficialización de su fundación, y en conmemoración a este hecho se realizó una marcha multitudinaria, donde acudieron aproximadamente 50 mil personas, que comenzó en la intersección de la Avenida de Mayo y la Avenida 9 de Julio (muy cerca de donde se encontraba la tienda «A la Ciudad de Londres») y se dirigió a la sede social del club en Avellaneda cruzando el Puente Pueyrredón desde capital.